Sus dos anhelos fueron el petróleo y la industria. Su gobierno se caracterizó por el modelo desarrollista para fomentar la industria pesada, quería dar respuesta a las nuevas realidades sociales, económicas y políticas que la cultura de la industrialización sellaba. Pero para que este modelo funcionara adecuadamente, se necesitaba la integración social de la clase trabajadora y de la burguesía industrial. El proyecto no pretendía abandonar el modelo de sustitución de importaciones, sino ampliarlo a la industria de base para integrar los procesos productivos de insumo.
Desde la perspectiva de Frondizi, el Estado debía ser un sujeto activo para orientar la inversión extranjera y realizar las correspondientes obras de infraestructura.
Desde que comenzó su mandato, el presidente estuvo condicionado por el pacto que había acordado con Perón, por las Fuerzas Armadas, que le impusieron sus ministros de economía, por los reclamos de los sectores de izquierda, por el sector agropecuario y por la resistencia de la Unión Industrial contra los sindicatos.
La huelga de la bancaria fue la más extensa en la historia del país, la cual duró 62 días. Lo más emblemático de su gobierno fue el Plan Conintes, el cual ponía a los manifestantes bajo jurisdicción de tribunales militares y además prohibía las huelgas.
Este plan dividía el país en sub zonas militares y otorgaba a las Fuerzas Armadas más poder.
Con el tiempo, las dificultades condujeron a que se intervinieron los sindicatos, se clausuraran locales políticos opositores y se anularan las elecciones a gobernador en Buenos Aires. Con la Ley de Amnistía, Frondizi permitió a los líderes peronistas retomar las actividades sindicales pero no levantó la proscripción.
En 1959, la revolución cubana sacudió América Latina, Frondizi se mantuvo a un lado y decidió no sumarse al boicot contra Cuba y se opuso a la expulsión de esta por parte de la OEA. En 1962, levantó la proscripción del partido peronista pero terminó
interviniendo las provincias donde ganó este.
Su gobierno llegó a su fin en 1962. La presión militar lo obligó a renunciar y asumió el poder su vice-presidente, José María Guido, Frondizi fue detenido y llevado a la Isla Martin García.